La Armada de El Salvador es una fuerza especializada y ágil, orientada principalmente a la seguridad marítima y las patrullas de soberanía dentro de sus aguas territoriales y zona económica. Su estrategia marítima central gira en torno a la lucha contra el crimen organizado transnacional, con un énfasis pronunciado en las operaciones antinarcóticos, que a menudo lleva a cabo en estrecha cooperación con los Estados Unidos. Este enfoque moldea sus capacidades y ritmo operativo, priorizando la interdicción del tráfico ilícito a lo largo de su costa del Pacífico. El mandato de la Armada también incluye el apoyo a las fuerzas terrestres, el mantenimiento de la paz interna y la provisión de ayuda en caso de desastres nacionales.
La flota se compone de buques patrulleros, embarcaciones de vigilancia costera e interceptores de alta velocidad diseñados para una respuesta rápida. Su alcance operativo se extiende hasta el límite de 200 millas náuticas de su territorio marítimo reclamado, centrándose en la aplicación de la ley y la imposición de la soberanía. Si bien no posee una gran capacidad de combate en aguas azules, la fuerza es efectiva en su rol de seguridad designado. Un elemento clave de su capacidad en evolución es la integración de sistemas no tripulados. A través de ejercicios conjuntos con la Armada de los EE. UU., El Salvador está avanzando en el uso de vehículos aéreos y de superficie no tripulados para mejorar la conciencia del dominio marítimo y extender su alcance de vigilancia, permitiendo un seguimiento e intercepción más efectivos de las amenazas con riesgo reducido para el personal.
Las Fuerzas Armadas de El Salvador están experimentando un período de modernización bajo el "Plan Control Territorial", que incluye la adquisición de nuevo equipo como drones y cámaras avanzadas que benefician las operaciones navales. La propia Armada demuestra un grado de autosuficiencia a través de sus propias instalaciones de mantenimiento y reparación. Estas instalaciones son capaces de dar servicio a una variedad de embarcaciones, incluyendo barcos de pesca y yates, y realizan tareas como trabajos de casco, arenado, pintura y mantenimiento de motores.