تُعد البحرية الجيبوتية قوة بحرية صغيرة ولكنها ذات أهمية استراتيجية، تركز بشكل أساسي على حماية سيادة الأمة وتأمين ممراتها البحرية الحيوية. تتمثل مهمتها الأساسية في حماية سواحل جيبوتي البالغ طولها 314 كيلومترًا، ومياهها الإقليمية، ومنطقتها الاقتصادية الخالصة. تُعد هذه الولاية حاسمة نظرًا لموقع جيبوتي عند مدخل البحر الأحمر، حيث تسيطر على مضيق باب المندب، وهو نقطة اختناق للشحن العالمي. يتمثل الهدف الاستراتيجي الأساسي للبحرية في ردع أو هزيمة التهديدات والعدوان البحري، مما يضمن أمن أراضيها ومصالحها البحرية.
يتكون الأسطول من سفن دورية، وزوارق صواريخ سريعة، ومختلف سفن الدعم والإنزال. وعلى الرغم من حجمها المتواضع، فقد تم تعزيز قدرات القوة من خلال عمليات الاستحواذ والشراكات الدولية. وكانت المساعدة من دول مثل فرنسا والولايات المتحدة أساسية في تطويرها منذ تأسيسها عام 1979. وتجدر الإشارة إلى أن اقتناء عدة زوارق دورية من الولايات المتحدة عام 2006 زاد بشكل كبير من قدرة البحرية على إجراء دوريات أطول مدة، مما عزز وجودها المستمر في البحر.
يتم تضخيم مدى العمليات وفعالية البحرية الجيبوتية من خلال التعاون الوثيق مع الشركاء الدوليين. وتشارك بشكل متكرر في تدريبات مشتركة، مثل سلسلة "كاتلاس إكسبرس"، لتحسين قدرة إنفاذ القانون البحري والأمن الإقليمي. تُجرى هذه التدريبات، التي تركز غالبًا على مكافحة القرصنة والاتجار غير المشروع والصيد غير القانوني، ضمن أطر مثل مدونة سلوك جيبوتي، التي تعزز تبادل المعلومات والعمليات المنسقة بين 20 دولة. يُعد هذا التعاون الدولي ضروريًا لبحرية صغيرة تواجه التحديات الأمنية المعقدة في خليج عدن والبحر الأحمر.
نظرًا لافتقارها إلى صناعة بناء سفن محلية كبيرة، تعتمد جيبوتي على عمليات الاستحواذ الأجنبية لتحديث وتوسيع أسطولها. استراتيجيتها البحرية دفاعية بطبيعتها، وتتمحور حول الدفاع الساحلي، والوعي بالمجال البحري، وضمان المرور الآمن للسفن التجارية عبر باب المندب. وتعمل البحرية جنبًا إلى جنب مع خفر السواحل الجيبوتي لأداء هذه الواجبات.