La Marine salvadorienne est une force spécialisée et agile, principalement axée sur les patrouilles de sécurité maritime et de souveraineté au sein de ses eaux territoriales et de sa zone économique. Sa stratégie maritime fondamentale s'articule autour de la lutte contre la criminalité transnationale organisée, avec un accent prononcé sur les opérations de lutte contre les stupéfiants, qu'elle mène souvent en étroite coopération avec les États-Unis. Cette orientation façonne ses capacités et son rythme opérationnel, en priorisant l'interception du trafic illicite le long de son littoral pacifique. Le mandat de la Marine comprend également le soutien aux forces terrestres, le maintien de la paix intérieure et l'aide nationale en cas de catastrophe.
La flotte est composée de patrouilleurs, d'embarcations de surveillance côtière et d'intercepteurs à grande vitesse conçus pour une réponse rapide. Sa portée opérationnelle s'étend jusqu'à la limite des 200 milles nautiques de son territoire maritime revendiqué, en se concentrant sur l'application de la loi et le respect de la souveraineté. Bien qu'elle ne possède pas de capacités de combat en haute mer importantes, la force est efficace dans son rôle de sécurité désigné. Un élément clé de l'évolution de ses capacités est l'intégration de systèmes sans pilote. Grâce à des exercices conjoints avec l'US Navy, le Salvador fait progresser son utilisation de véhicules aériens et de surface sans pilote pour améliorer la connaissance du domaine maritime et étendre sa portée de surveillance, permettant un suivi et une interception plus efficaces des menaces avec un risque réduit pour le personnel.
Les Forces armées salvadoriennes traversent une période de modernisation dans le cadre du "Plan Control Territorial", qui comprend l'acquisition de nouveaux équipements tels que des drones et des caméras avancées qui bénéficient aux opérations navales. La Marine elle-même fait preuve d'un certain degré d'autosuffisance grâce à ses propres installations de maintenance et de réparation. Ces installations sont capables d'entretenir une variété de navires, y compris des bateaux de pêche et des yachts, et effectuent des tâches telles que les travaux de coque, le sablage, la peinture et l'entretien des moteurs.