A Marinha de El Salvador é uma força especializada e ágil, primariamente orientada para a segurança marítima e patrulhas de soberania dentro de suas águas territoriais e zona econômica. Sua estratégia marítima central gira em torno do combate ao crime organizado transnacional, com uma ênfase pronunciada em operações antinarcóticos, frequentemente conduzidas em estreita cooperação com os Estados Unidos. Esse foco molda suas capacidades e ritmo operacional, priorizando a interdição do tráfico ilícito ao longo de sua costa do Pacífico. O mandato da Marinha também inclui o apoio às forças terrestres, a manutenção da paz interna e a prestação de socorro em desastres nacionais.
A frota é composta por navios-patrulha, embarcações de vigilância costeira e interceptadores de alta velocidade projetados para resposta rápida. Seu alcance operacional se estende até o limite de 200 milhas náuticas de seu território marítimo reivindicado, com foco na aplicação da lei e na garantia da soberania. Embora não possua uma grande capacidade de combate em águas azuis, a força é eficaz em seu papel de segurança designado. Um elemento chave de sua capacidade em evolução é a integração de sistemas não tripulados. Através de exercícios conjuntos com a Marinha dos EUA, El Salvador está avançando no uso de veículos aéreos e de superfície não tripulados para aprimorar a consciência situacional marítima e estender seu alcance de vigilância, permitindo um rastreamento e interceptação mais eficazes de ameaças com risco reduzido ao pessoal.
As Forças Armadas de El Salvador estão passando por um período de modernização sob o "Plan Control Territorial", que inclui a aquisição de novos equipamentos, como drones e câmeras avançadas que beneficiam as operações navais. A própria Marinha demonstra um grau de autossuficiência através de suas próprias instalações de manutenção e reparo. Essas instalações são capazes de realizar a manutenção de uma variedade de embarcações, incluindo barcos de pesca e iates, e executam tarefas como trabalho de casco, jateamento de areia, pintura e manutenção de motores.