البحرية السلفادورية هي قوة متخصصة ورشيقة موجهة بشكل أساسي نحو الأمن البحري ودوريات السيادة ضمن مياهها الإقليمية ومنطقتها الاقتصادية. تتمحور استراتيجيتها البحرية الأساسية حول مكافحة الجريمة المنظمة العابرة للحدود الوطنية، مع تركيز واضح على عمليات مكافحة المخدرات، والتي غالبًا ما تجريها بالتعاون الوثيق مع الولايات المتحدة. يشكل هذا التركيز قدراتها ووتيرتها العملياتية، مع إعطاء الأولوية لاعتراض الاتجار غير المشروع على طول ساحلها المطل على المحيط الهادئ. يشمل تفويض البحرية أيضًا دعم القوات البرية، والحفاظ على السلام الداخلي، وتقديم الإغاثة في حالات الكوارث الوطنية.
يتألف الأسطول من سفن دورية، وزوارق مراقبة ساحلية، وزوارق اعتراض عالية السرعة مصممة للاستجابة السريعة. يمتد نطاق عملياتها حتى حد 200 ميل بحري من أراضيها البحرية المطالب بها، مع التركيز على إنفاذ القانون وإنفاذ السيادة. بينما لا تمتلك قدرة قتالية كبيرة في المياه الزرقاء، فإن القوة فعالة في دورها الأمني المحدد. عنصر أساسي في قدرتها المتطورة هو دمج الأنظمة غير المأهولة. من خلال التدريبات المشتركة مع البحرية الأمريكية، تعمل السلفادور على تطوير استخدامها للمركبات الجوية والسطحية غير المأهولة لتعزيز الوعي بالمجال البحري وتوسيع نطاق مراقبتها، مما يسمح بتتبع واعتراض التهديدات بشكل أكثر فعالية مع تقليل المخاطر على الأفراد.
تخضع القوات المسلحة السلفادورية لفترة تحديث في إطار "خطة السيطرة الإقليمية" (Plan Control Territorial)، والتي تشمل اقتناء معدات جديدة مثل الطائرات بدون طيار والكاميرات المتقدمة التي تفيد العمليات البحرية. تُظهر البحرية نفسها درجة من الاكتفاء الذاتي من خلال مرافق الصيانة والإصلاح الخاصة بها. هذه المنشآت قادرة على صيانة مجموعة متنوعة من السفن، بما في ذلك قوارب الصيد واليخوت، وتؤدي مهام مثل أعمال الهيكل، والسفع الرملي، والطلاء، وصيانة المحركات.